培训期工资被扣是否违法，取决于具体情况 。以下是相关的法律依据和分析：
法律依据 ：《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金，但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。
《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
合法扣除的情形 ：如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了培训费用，并且该约定符合法律法规及公平原则，那么在特定情境下扣款是合法的。例如，企业为员工提供特殊技术培训并支付了相应的高昂费用，同时与员工签订了服务期限协议，如员工在服务期内提前离职，企业可以依照约定扣除部分培训费用。
如果员工因自身原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以依据劳动合同的约定要求赔偿，并从工资中扣除相应的赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
违法扣除的情形 ：如果用人单位未经事先约定或无合法依据就随意扣发员工工资，这是违法行为。员工有权要求企业归还所扣款项，如因之引发劳动争议，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以保护自己的合法权益。
在试用期内，企业不得将培训费用转嫁给职工。如果公司在试用期三个月内扣除培训工资，这种行为就违反了法律规定。
建议 ：
用人单位在安排员工培训时，应与员工签订明确的培训协议，并约定服务期和违约金条款，以确保双方的权益。
用人单位在扣减员工工资时，必须有合法依据，并且扣减的金额不得超过法律法规规定的限额。
员工如认为自己的工资被违法扣除，应及时与用人单位沟通，如无法协商解决，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
