根据我国相关法律法规，培训机构扣除保证金的行为通常是不合法的，具体分析如下：
一、法律禁止性规定 《劳动合同法》第九条规定用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证、护照等证件，也不得要求以其他名义向劳动者收取财物。
《劳动合同法》第九十一条规定用人单位以担保或其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还，并处以每人500元以上2000元以下的罚款；给劳动者造成损害的，还需承担赔偿责任。
二、保证金的合法性条件若用人单位与劳动者在劳动合同或培训协议中明确约定了培训保证金的相关条款，且符合以下条件，则可能被认定为合法：
明确约定退还条件 ：如服务期未满、违反保密义务等；
金额合理 ：不得超过培训费用的一定比例（通常为20%-50%）；
非强制性质 ：需经劳动者自愿签订。
三、常见违法情形 无合法依据收取若培训机构未提供任何培训服务或服务未达约定标准，单方面扣除保证金属于违法行为。
试用期工资扣除试用期工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或劳动合同约定工资的80%，若以扣除保证金形式变相降低工资，同样违法。
四、劳动者维权途径 拒绝缴纳劳动者可明确拒绝缴纳无合法依据的保证金，并保留证据向劳动监察部门投诉。
法律救济若因保证金问题引发劳动争议，可通过协商、仲裁或诉讼途径解决。
总结培训机构扣除保证金的合法性需以合法约定为前提 ，否则均属违法行为。建议劳动者在签订相关协议前仔细阅读条款，必要时咨询专业律师，以维护自身合法权益。
