培训机构扣工资的合法性需根据具体情况判断，主要分为以下情形：
一、合法扣工资的情形 员工过错导致损失若员工因故意或重大过失给机构造成经济损失，机构可依据合法制定的规章制度扣减工资，但需满足以下条件：
扣除后工资不低于当地最低工资标准；
扣除金额不得超过当月工资的20%。
专项培训服务期协议若机构为员工提供专项培训并支付费用，双方可签订服务期协议，约定员工离职时需支付部分培训费用。此时扣款需符合协议约定，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
二、违法扣工资的情形 无合法依据或程序用人单位若未与员工协商或违反法律规定擅自扣款，属于违法行为。工资应按时足额支付，不得以培训、绩效等名义变相克扣。
培训与工资扣除无直接关联若培训为员工自主选择且未签订相关协议，或培训内容与岗位无关，则扣款可能构成违法。例如，非工作时间的自愿培训或与工作无关的增值培训。
三、争议解决途径协商与调解 ：建议员工与机构先沟通确认扣款合理性；
劳动仲裁 ：若协商无效，可向当地劳动仲裁部门申请仲裁，仲裁程序成本低且保护双方权益；
法律诉讼 ：对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼。
四、注意事项劳动合同约定 ：明确培训费用承担条款可降低法律风险，但需符合公平原则；
工资调整机制 ：服务期约定不影响正常工资调整，但需与解除协议分开约定。
综上，培训机构扣工资的合法性需结合具体事由、合同约定及法律规定综合判断，建议双方签订书面协议明确权利义务。
