用人单位与员工签订培训协议并扣除费用是否合法，主要取决于培训协议的内容是否符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定 。
专项培训与服务期约定 ：根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用并进行专业技术培训的，可以与劳动者订立协议，约定服务期。
如果劳动者违反服务期约定，应当按照约定向用人单位支付违约金，但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。
培训费用的合法性 ：用人单位不能随意从员工工资中扣除培训费用，除非有明确的法律依据或双方另有约定。
如果用人单位在招聘和录用过程中以其他名义向劳动者收取任何形式的财物，包括培训费用，将面临劳动行政部门的处罚。
违约金条款的合法性 ：培训协议中的违约金条款需符合法定条件才有效，包括用人单位提供了专项培训费用并约定服务期，或者涉及商业秘密及竞业限制时。
如果不符合这些条件，违约金条款可能无效。
综上所述，如果培训协议是在双方自愿、平等的基础上签订，且内容符合《劳动合同法》的相关规定，那么用人单位可以扣除培训费用作为违约金。但如果培训费用是从员工工资中直接扣除，且未提供专项培训或未约定服务期，那么这种行为是违法的 。
建议 ：
在签订劳动合同前，员工应仔细阅读相关条款，确保自己的权益得到保障。
如果对培训协议的内容有疑问，建议咨询专业律师或劳动行政部门，以避免不必要的法律纠纷。
