根据我国《劳动法》及相关法律规定，公司从员工工资中扣除培训费用的行为是否合法，需根据具体情况判断，主要分为以下情形：
一、违法扣除工资的情形 常规培训未获同意若公司未与员工协商或未签订协议，擅自从工资中扣除培训费用，可能构成违法行为。培训属于正常工作范畴，用人单位应依法支付全额报酬。
专项培训无服务期约定对于非专项培训，即使双方有协议，用人单位也无权单方面从工资中扣除费用。
违反最低工资标准扣除后的工资不得低于当地月最低工资标准，否则按最低工资标准支付。
二、合法扣除的情形 专项培训与服务期约定用人单位为员工提供专项培训（如专业技术培训），并与员工签订协议约定服务期，员工违反服务期约定的，可要求赔偿剩余服务期内的培训费用。 - 违约金限制 ：违约金不得超过培训费用或服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
明确协议约定且合法若劳动合同中明确约定了培训费用及扣除方式，且不违反法律法规，扣除行为可能合法。
三、其他注意事项工资计算标准 ：培训期间工资计算应基于实际工作量，员工无实际工作却要求按培训前工资标准支付差额，法院通常不予支持。
争议解决途径 ：若对扣除行为有争议，建议先协商，协商无效可向劳动仲裁或劳动监管机构投诉。
综上，公司培训占工资比例的合法性需结合培训性质、合同约定及服务期约定综合判断，建议用人单位规范管理以降低法律风险。
