根据我国《劳动合同法》及相关法律规定，企业培训协议中的罚款条款通常被认定为不合法，具体分析如下：
一、罚款条款的违法性 罚款性质认定劳动法明确规定，用人单位不得以罚款形式对劳动者进行经济处罚。罚款是行政处罚权专属的行政措施，企业作为民事主体无权对员工实施罚款。
工资支付义务员工为企业提供劳动，企业有义务按时足额支付工资，不得以任何名义扣减。若企业以罚款名义扣除工资，属于违法行为。
二、培训费用与违约金的合法约定 专项培训的合法约定若企业为员工提供专项培训并约定服务期，双方可依法签订协议，约定违反服务期需支付违约金。但需注意：
违约金不得超过培训费用；
不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
非专项培训的合同解除权对于非专项培训，企业仅在员工严重违纪或与企业利益重大损害时，方可依法解除劳动合同，但无权要求赔偿培训费用。
三、维权建议 保存证据员工应妥善保存培训通知、工资单、罚款记录等材料，作为维权的依据。
协商与投诉首先应与用人单位协商解决，协商无效时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
法律救济劳动仲裁是解决劳动争议的法定途径，仲裁庭将依据法律规定和证据作出裁决。
四、总结企业培训协议中的罚款条款通常因违反劳动法规定而无效，员工可依法要求返还扣款并索赔。对于专项培训，企业应通过合法协议约定服务期及违约金，但需严格限制违约金金额。
