公司培训协议中的违约金条款是否合法，主要取决于培训的性质以及是否符合《劳动合同法》的相关规定。
专业技术培训与服务期约定 ： 根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。 入职培训与违约金 ： 对于入职培训，特别是旨在提升新员工的适应能力和掌握基础工作技能的培训，通常不被视为专业技术培训。因此，如果用人单位将入职培训等同于专业技术培训，并约定服务期和违约金，这样的条款是无效的。 违约金的限制 ： 违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不能超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。 培训费用的界定 ： 培训费用包括用人单位为了对劳动者进行专业技术培训而支付的有凭证的培训费用、培训期间的差旅费用以及因培训产生的用于该劳动者的其他直接费用。综上所述，公司培训协议中的违约金条款在符合《劳动合同法》相关规定的情况下是合法的，但有以下限制条件：
培训必须属于专业技术培训。
违约金的数额不得超过实际提供的培训费用和服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
建议在签订培训协议时，明确培训的性质，并确保违约金条款符合法律规定，以减少潜在的法律风险。
