根据相关法律法规和搜索结果，关于公司出资培训后证书的归属问题，需结合具体情况分析：
一、证书所有权归属原则 证书归属劳动者培训证书上若仅标注员工姓名，且未明确约定其他权益归属，则证书所有权归员工个人所有。即使公司出资，证书作为个人技能和职业资格的证明，与员工个人能力直接相关，属于个人财产范畴。
特殊情况约定若劳动合同或培训协议中明确约定证书归公司所有，或约定员工在服务期内不得离职（服务期通常不超过2年），则需遵守约定。但此类约定需符合《劳动合同法》的规定，否则可能被认定为无效。
二、公司可采取的管理措施 协议约定服务期公司可要求员工签订服务期协议，约定离职后需服务一定年限（通常不超过2年）。若员工违反协议，需支付违约金（不得超过培训费用）。但需注意，服务期协议不得以放弃员工权利为前提。
证书保管与归还公司可要求员工离职时归还证书，但不得以扣押证件作为离职条件。若公司担心员工流动，可要求签订承诺书，明确证书归属及违约责任。
三、法律风险与建议避免单方面扣留 ：长期扣留证书可能影响员工就业，且不符合劳动法规定。
明确协议条款 ：若需保留证书，建议通过书面协议约定服务期及违约金，避免纠纷。
证书价值评估 ：若证书仅用于入职资质，可要求员工离职时返还原件，保留复印件备案。
综上， 培训证书默认归员工所有 ，公司可通过协议约定服务期等条款维护自身权益，但需遵守法律规定，避免侵犯员工合法权益。
