在苗木种子起诉的情况下，需要准备以下证据：
合同或协议 ：证明与苗木种子供应商之间的合同关系，包括购买条款、交付日期、付款条件等。
付款凭证 ：如银行转账记录、支票副本等，证明已经支付了苗木种子的费用。
接收记录 ：包括运输单据、签收单等，证明已经接收了苗木种子。
种子质量证明 ：如检验报告、合格证书等，证明苗木种子的质量符合合同要求。
沟通记录 ：如邮件、短信、微信等，证明与供应商之间的沟通内容，尤其是关于种子质量、交付时间等问题的讨论。
损害证据 ：如果苗木种子存在质量问题或未按时交付，需要提供相应的损害证据，如照片、视频等。
证人证言 ：如果有第三方见证人，可以提供证人的证言来证明交易的真实性和双方的约定。
其他相关文件 ：如法律文件、许可证等，证明起诉方有权进行起诉。
根据《民事诉讼法》第68条的规定，书证应当提交原件，物证应当提交原物。如果提交原件或原物确有困难，可以提交复制品、照片、副本、节录本。同时，根据《民诉证据规定》第20条至第22条，调查人员调查收集的书证可以是原件，也可以是经核对无误的副本或者复制件。因此，在准备证据时，应尽量提供原件或经过核对无误的副本，以保证证据的法律效力。
建议在起诉前，咨询专业律师，确保所有证据材料齐全且符合法律要求，以提高起诉的成功率。
