打去杨树苗杀菌药的最佳时间取决于季节和温度。在 夏季高温时 ，建议在早上十点之前或下午四点以后进行喷药，以避免高温对药效的影响，并减少杨树苗因日晒而受到的伤害。而在 春秋季低温时 ，中午时分温度相对较高，此时喷药可以提高药效，同时减少因低温造成的药液挥发和药效降低。
此外，如果使用了微生物菌剂，建议在冲施后等待3-5天，甚至7天后再使用杀菌剂，以确保微生物菌剂充分发挥作用，并避免药物之间的相互影响。
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