苗木合作社在运营过程中需要持有以下证书：
营业执照 ：证明合作社合法经营的基本证件。
税务登记证 ：用于税务管理的证件。
组织机构代码证 ：合作社的唯一识别代码。
林木种子经营许可证 ：允许合作社进行林木种子的经营。
林木种子生产许可证 ：允许合作社进行林木种子的生产。
种植绿化苗木经营许可证 ：特别针对绿化苗木的种植和销售。
检疫证 ：证明苗木经过检疫，无病虫害。
苗木质量合格证 ：证明苗木质量符合相关标准。
苗木产地检疫证 ：证明苗木来源地无检疫对象。
苗木标签 ：标识苗木来源、质量等信息。
林木种苗工证书 ：从事林木种苗工作的专业人员必备。
林木种苗培育工程师证 ：从事林木种苗培育的专业人员必备。
林木种苗检验员证书 ：从事林木种苗检验的专业人员必备。
此外，根据《中华人民共和国种子法》，在林木种苗的出圃、调运、使用过程中还需持有“苗木检验证”、“苗木检疫证”、“苗木产地标签”。
建议在办理这些证书时，确保所有材料的真实性和完整性，并遵循当地相关部门的规定和要求。
