苗木抵扣在国税的申报流程如下：
录入发票信息 ： 企业需要将苗木发票的信息录入到企业的财务系统中，以便进行后续的申报抵扣。 申报抵扣 ：企业在每个纳税期结束后，需要将本期内购买的苗木发票信息汇总，通过税务局的电子税务系统进行申报抵扣。
在申报时，企业需要填写“增值税纳税申报表”，并在“进项税额”栏目中填写本期内购买的苗木发票的税额总和。
税务局审核 ：税务局在接到企业的申报后，会对企业的申报信息进行审核。
如果审核通过，企业就可以享受到增值税的抵扣。
注意事项：对于领用农产品加工时，抵扣2%，在增值税附表二8A填列。
农业生产者销售自产免税农产品开具的农产品销售发票，可以按规定计算抵扣进项税额。
绿化苗木抵扣税金时，不能按农副产品抵扣进项税，工程中的人工费也无法进行进项税抵扣。
购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
