免税苗木的抵扣税率主要取决于销售方的资质和发票类型。具体来说：
一般纳税人 ：可以开具9%的增值税专用发票或普通发票，按发票金额的9%抵扣进项税额。
小规模纳税人 ：可以开具1%或3%的增值税专用发票或普通发票，按不含税金额的9%抵扣进项税额。
因此，无论是作为一般纳税人还是小规模纳税人，都可以按照9%的税率抵扣免税苗木的进项税额。需要注意的是，抵扣的前提是苗木必须是销售方自产自销的，并且发票为免税发票。
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