苗木的扣除率为11% 。具体依据如下：
纳税人购进苗木，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额；取得小规模纳税人（按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税）去税务机关代开的增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额；取得苗木销售发票或开具收购发票的，以苗木销售发票或收购发票上注明的苗木买价和11%的扣除率计算进项税额。
购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额。
