当您遇到买卖果树苗纠纷时，可以根据具体情况选择以下部门进行投诉或诉讼：
公安机关 ：如果对方涉嫌诈骗，您可以直接向公安机关报案。
市场监督管理部门 ：如果纠纷涉及商品质量问题或虚假宣传，您可以向市场监督管理部门投诉。
消费者协会 ：作为保护消费者权益的组织，消费者协会可以协助您调解纠纷，或者您可以根据与经营者达成的仲裁协议提请仲裁机构仲裁，还可以向人民法院提起诉讼。
农业部门 ：若纠纷涉及农业投入品如种苗的质量问题，您可以向当地农业部门投诉。
人民法院 ：如果上述途径无法解决问题，您还可以选择向人民法院提起诉讼。
根据纠纷的具体性质和您的需求，可以选择最合适的部门进行投诉或寻求法律帮助。希望这些信息对您有所帮助。
