苗木专用发票能抵扣的进项税额主要 取决于销售方资质和发票类型 ，具体如下：
农业生产者自产自销的苗木 ： 如果开具的是免税发票（包括增值税普通发票和增值税专用发票），可以按照票面金额的9%计算抵扣进项税。 从小规模纳税人处采购的苗木 ：如果取得的是3%的增值税专用发票，可以按不含税金额乘以9%计算抵扣进项税。
如果取得的是1%的增值税专用发票，可以按不含税金额乘以9%计算抵扣进项税。
从一般纳税人处采购的苗木 ： 如果取得的是9%的增值税专用发票，可以直接按税额勾选抵扣进项税。综上所述，苗木专用发票能抵扣的进项税额主要有以下几种情况：
农业生产者自产自销的苗木：按票面金额的9%抵扣。
小规模纳税人开具的3%专票：按不含税金额乘以9%抵扣。
小规模纳税人开具的1%专票：按不含税金额乘以9%抵扣。
一般纳税人开具的9%专票：直接按税额勾选抵扣。
建议在实际操作中，根据具体的业务情况和发票类型选择合适的抵扣方式，以确保正确计算和申报进项税额。
