果树苗木的管理主要 由各级人民政府的农业农村行政主管部门负责 。具体来说：
国家级 ：国务院农业行政主管部门（种植业管理司）负责全国范围内的果树管理。
省级 ：省农业行政主管部门负责本行政区域内的果树种子苗木管理工作。
市、县级 ：市、县、区人民政府指定的行政管理部门负责本行政区域内的果树种子苗木管理工作。在多数县区，这一职责由农业局（果树站）承担，部分县区则可能由林业局管理。
乡镇级 ：乡（镇）人民政府具体负责果树管理工作。
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