苗木发票的计算抵扣税率主要取决于销售方的资质和发票类型。具体规定如下：
一般纳税人 ：9%专票 ：可以直接按照发票上注明的税额进行抵扣。
9%普票 ：也可以按照发票上注明的税额进行抵扣。
小规模纳税人 ：3%专票 ：需要先计算不含税金额，再乘以9%进行抵扣。
1%专票 ：同样需要先计算不含税金额，再乘以9%进行抵扣。
1%普票 ：也可以按照不含税金额乘以9%进行抵扣。
免税发票 ： 农业生产者自产自销的苗木 ：免税，但可以抵扣的进项税额为票面金额的9%。 建议一般纳税人 ：在取得苗木发票时，应尽量选择9%的专票，以便直接按照发票税额进行抵扣，简化计算过程。
小规模纳税人 ：在开具或取得苗木发票时，应选择3%或1%的专票，以便按照不含税金额乘以9%进行抵扣，确保最大程度的进项税额抵扣。
免税苗木 ：虽然免税，但仍需注意按照票面金额的9%计算可抵扣的进项税额。
这些规定确保了苗木发票在增值税抵扣中的准确性和合规性。
