苗木的抵扣比例主要取决于发票类型和纳税人身份。具体来说：
一般纳税人 ：购进自产自销苗木可以按照9%的比例抵扣进项税额。
取得的农产品发票也可以按照购买价款乘以9%计算进项税额。
小规模纳税人 ：可以开具1%或3%的增值税专用发票或普通发票。
如果取得的是1%或3%的专票，计算抵扣进项税额时，需要先计算不含税金额（含税价除以1+税率），然后再乘以9%。
免税苗木 ： 农业生产者自产自销的苗木类发票是免税的，可以抵扣的进项税额为票面金额乘以9%。 建议一般纳税人 在购进自产自销苗木时，应确保取得9%税率的增值税专用发票，以便最大化抵扣进项税额。
小规模纳税人 在采购苗木时，如果可能，应选择开具1%或3%的专票，以便进行进项税额的抵扣。
无论哪种纳税人，都应确保苗木发票的合法性和有效性，以便顺利进行税务抵扣。
