根据《增值税暂行条例》（国务院令2008年第538号）的规定，承租方由于出租方收回土地的同时收回苗木而取得的苗木补偿费，属于销售苗木的行为，因此，承租企业收到的苗木补偿费应按照适用税率缴纳增值税。苗木属于农产品，如果是苗木基地自己培育并销售的，属农业生产者销售自产农产品，其销售是免增值税的。一般纳税人销售非自产农产品按13%的税率计算缴纳增值税，小规模纳税人销售非自产农产品按3%的征收率计算缴纳增值税。
因此， 如果承租方是一般纳税人，收到的苗木补偿费需要按照13%的税率缴纳增值税；如果承租方是小规模纳税人，则需要按照3%的征收率缴纳增值税 。
