二手挖掘机有合格证但没有发票是可以购买的，但需要注意以下几点来确保权益：
合同条款 ：确保在购买合同中明确注明所有相关条款，包括机器的详细信息、价格、支付方式、交付方式以及双方的权利和义务。建议由专业法律人士审核合同内容，以确保合同的合法性和有效性。
产权公证 ：在购买二手挖掘机时，可以要求卖家提供产权公证，以确保你拥有该挖掘机的合法产权。
过户手续 ：尽管没有发票，但只要有合格证，理论上是可以办理过户手续的。建议咨询当地的机械管理部门或相关机构，了解具体的过户流程和所需材料。
律师咨询 ：在购买前，最好咨询专业律师，了解相关法律法规，并在必要时请律师进行答辩，以保障自己的权益。
其他证明文件 ：如果可能，收集其他证明文件，如出厂铭牌编号、转让协议、交易记录等，以证明买卖事实的存在。
综上所述，虽然二手挖掘机没有发票但有合格证是可以购买的，但为了确保权益，建议在购买过程中采取上述措施，以降低风险。
